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以下のような資料を読んで見るとSalesforce側の設定というよりは
FTP ユーティリティ側でファイルの存在と時間起動での転送設定ができれば
自動連携可能なように思います。
例えばWindowsサーバーなら時間起動でBatファイルの中からFtpを起動することで
可能だと思います。Unixのサーバーならcronとシェルを使えばもっと楽に自動化処理ができると思います。
Marketing Cloud SFTP ガイド
https://help.salesforce.com/s/articleView?id=sf.mc_es_enhanced_ftp_guide.htm&type=5
Marketing Cloud SFTP サイトとのファイル転送
https://help.salesforce.com/s/articleView?id=sf.mc_es_transfer_files_in_ftp.htm&type=5
1. サードパーティ FTP ユーティリティを使用して、FTP サーバーに接続します。