同一名市町村の場所編集方法

国土地理院のデータを使って任意の市区町村ポリゴンを表示させたいのですが、

同一名市町村の場所編集方法が分かりません。良い解決方法を教えていただきたいです。

具体的な市で言うと、東京都と広島県の府中市です。

都道府県／州をどちらかの都道府県にすれば解消はされるのですが、それだとそれ以外の市町村が不明となってしまい困っています。緯度経度を入れて見たいと思っていますが、どこからデータを入手すればいいか分かりません。