サインインポップアップが何度も表示される

「どのファイルを開いても」というのが少し引っかかっています。

パブリッシュされたデータソースに接続していないワークブックをServer上で見てもポップアップが出るのであればサーバの認証の保持の問題、

パブリッシュされたデータソースに接続していないワークブックを見るときはポップアップが出ないというのであればデータソース側の問題である可能性が高いと思います。

試しにサンプル-スーパーストアで適当なワークブックを作ってパブリッシュし、それをブラウザでServerにサインインして閲覧してみると分かるかと思います。